Biodiversity of soil environment – overview of parameters and methods in soil biodiversity analyses
Loading...
Date
2016
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa – Państwowy Instytut Badawczy w Puławach
Abstract
Description
Soil microorganisms are a highly diverse group of living organisms in terms of genomic and phenotypic characteristics. Due to such large diversity, it is important to find the appropriate methods which would provide the highest degree of microbial diversification.
Biodiversity is a crucial step towards finding new microorganisms important features. Microorganisms play an important role in the ecosystem of the soil and participate, among others, in maintaining soil structure, humification, release of organic compounds, disposal of pollutants but also in the processes of transformation of organic matter. The competent state of soil microorganisms communities which consists of appropriate amount, activity and diversity is a necessary condition for functioning of a highly complex system such as soil. Genetic techniques are the tools which allow analyzing genetic variability of microorganisms, the most important of them being the polymerase chain reaction, or PCR, developed in the 1980s. This technique allows multiplying specific sequences, usually corresponding to the fragments of the sequence of genomic DNA. Hence, undoubtedly an important aspect of the research is the selection and development of indicators to evaluate biodiversity microorganisms of soil and plant. This work presents selected molecular methods used for the diversify of microorganisms.
Mikroorganizmy glebowe stanowią wysoce zróżnicowaną grupę organizmów żywych pod względem cech genomowych i fenotypowych. Z powodu tak dużej różnorodności ważne jest, aby dobrać odpowiednie metody dające największy stopień różnicowania mikroorganizmów. Narzędziami umożliwiającym analizę zmienności genetycznej mikroorganizmów są techniki genetyczne. Najbogatszym rezerwuarem mikroorganizmów jest środowisko naturalne ze szczególnym uwzględnieniem ekosystemów glebowego i roślinnego. Mikroorganizmy zasiedlające glebę odgrywają kluczową rolę w prawidłowym przebiegu większości procesów zachodzących w glebie. Różnorodność i struktura zbiorowisk mikroorganizmów glebowych mają szczególne znaczenie dla funkcjonowania gleb. Niewątpliwie ważnym aspektem badań mikrobiologicznych jest dobór i opracowanie wskaźników do oceny i kształtowania bioróżnorodności mikrobiologicznej środowiska glebowego i roślinnego. Obecnie analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów zasiedlających dane środowiska głównie opiera się na badaniach z zakresu biologii molekularnej. Są to metody szybkie, czułe i powtarzalne. Warto wspomnieć, że dają one możliwość bezpośredniej oceny mikroorganizmów bez konieczności ich hodowli.
Mikroorganizmy glebowe stanowią wysoce zróżnicowaną grupę organizmów żywych pod względem cech genomowych i fenotypowych. Z powodu tak dużej różnorodności ważne jest, aby dobrać odpowiednie metody dające największy stopień różnicowania mikroorganizmów. Narzędziami umożliwiającym analizę zmienności genetycznej mikroorganizmów są techniki genetyczne. Najbogatszym rezerwuarem mikroorganizmów jest środowisko naturalne ze szczególnym uwzględnieniem ekosystemów glebowego i roślinnego. Mikroorganizmy zasiedlające glebę odgrywają kluczową rolę w prawidłowym przebiegu większości procesów zachodzących w glebie. Różnorodność i struktura zbiorowisk mikroorganizmów glebowych mają szczególne znaczenie dla funkcjonowania gleb. Niewątpliwie ważnym aspektem badań mikrobiologicznych jest dobór i opracowanie wskaźników do oceny i kształtowania bioróżnorodności mikrobiologicznej środowiska glebowego i roślinnego. Obecnie analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów zasiedlających dane środowiska głównie opiera się na badaniach z zakresu biologii molekularnej. Są to metody szybkie, czułe i powtarzalne. Warto wspomnieć, że dają one możliwość bezpośredniej oceny mikroorganizmów bez konieczności ich hodowli.
Keywords
biodiversity, biological activity of soil, soil microorganisms, genetic diversity, gleba, bioróżnorodność, aktywność biologiczna gleb, mikroorganizmy glebowe, zróżnicowanie genetyczne
Citation
Monografie i Rozprawy Naukowe, 49, ss. 100